Software

 

Auswahl aktuell installierter Software

Das aktuell installiert openSUSE LEAP 42.3 bindet aus diversen Repositories (Quellen) über 11000 Pakete ein. Hier kann also nur eine Auswahl, der wichtigsten Programme aufgeführt werden, speziell auch solcher, die nicht im Paketumfang von openSUSE sind bzw. separat installiert wurden.

Bemerkung zur Verwendung von Compilern und Bibliotheken

Das Compilieren größerer eigener oder auch übernommener Programme erfordert i.a. das Zusammenspiel verschiedener Compiler und Bibliotheken. Hierbei ist folgendes zu bedenken:

  1. Zum Compilieren des Codes erforderliche Header und Bibliotheken liegen eventuell nicht in Standardpfaden. Dem Compiler sind dann die Pfade als Parameter mitzugeben. I.a. gibt es Konfigurationsskripte, die solche Dinge abfragen.
  2. Speziell übernommener Code ist oft für einen speziellen Compiler geschrieben, den wir eventuell nicht haben. Eventuell können vorhandene Compiler jedoch genutzt werden, wenn man ihnen entsprechende Optionen mitgibt.
  3. Compiler und Bibliotheken sind nicht immer kompatibel, wenn z.B. die Bibliotheken, gegen die gelinkt wird, mit einem (ganz) andern Compiler erstellt wurden.
Name Programmaufruf Beschreibung
Programme/Bibliotheken/Software/Tools

Acrobat Reader

Die Linux-Version des Acrobat Reaser wird von Adobe nicht mehr unterstützt. Bitte weichen Sie auf andere PDF-Viewer wie okular oder evince aus.

gsl-Bibliothek

Mit openSUSE LEAP 15 ist nun ein aktuelles gsl in Version 2.3 ausgeliefert.

Das manuell unter
/usr/local/gsl/2.3
installierte,sollte also nicht mehr benötigt weden. Um dieses zu nutzen, müssen die Pfade und Flags beim Compilieren entsprechend gesetzt werden. Diese erhält man (wie oft) über das Tool
/usr/local/gsl/2.3/bin/gsl-config --libs
/usr/local/gsl/2.3/bin/gsl-config --cflags

Will man dynamisch gelinkte Programme nutzen, so muss die Umgebungsvariabel LD_LIBRARY_PATH entsprechend um die Pfadangabe /usr/local/gsl/2.3/lib ergänzt werden, also z.B. für die csh:
setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/gsl/2.3/lib

Intel-Compiler

ifort, icc, ...

Initialisierung der Umgebung für Parallel Studio XE Version 19.0.1 mit

source /usr/local/opt64/intel/parallel_studio_xe_2019/bin/psxevars.[c]sh

Die Compiler können eine große Abhängigkeit von installierten Version von Systembibliotheken und anderen Bibliotheken wie NAG, BLAS, LAPACK etc. zeigen! Auch die Kommunikation mit dem Lizenzserver kann ausfallen. Stellen Sie also Inkompatibilitäten und Probleme fest, so setzen Sie sich mit den Administratoren in Verbindung.
Aktuell besteht eine Campus-Lizenz.

Intel Vtune Amplifier amplxe-gui, amplxe-cl

Initialisierung der Umgebung für bash [csh/tcsh]
source /usr/local/opt6/intel/vtune_amplifier_2019.1.0.579888/amplxe-vars.[c]sh
Weitere Konfigurationshinweise unter:
/usr/local/opt64/intel/vtune_amplifier_2019.1.0.579888/documentation/en/
"Getting Started" unter:
/usr/local/opt64/intel/vtune_amplifier_2019.1.0.579888/documentation/en/welcomepage/get_started.htm
(Links können nicht direkt angewählt werden, bitte kopieren.)

Mathematica

mathematica[52|6|7|8|9|10|11]

Es sind mehrere Mathematica-Versionen installiert. Standardmäßig wird Version 11.3 gestartet. Es gibt bisher keine Berichte, dass diese Parallelinstallation zu Konflikten geführt hätte.
Die Theoretische Physik beteiligt sich am Pool der im IT Center verwalteten Mathematica-Lizenzen. Die aktuelle Nutzung der Lizenzen wird ausgewertet um eine Überbuchung zu vermeiden.

Matlab

matlab7[9|11|14],matlab8[10|20]

Es sind die Versionen 7.9, 7.11, 7.14, 8.10 und 8.20 (default) installiert.

NAG

Es sind verschiedene Versionen der NAG-Bibliotheken installiert. Je nach verwendetem Compiler muss eine andere Version eingebunden werden. Die verschiedenen Versionen liegen in entsprechenden Unterverzeichnissen von /usr/local/opt64/NAG . Eine Tabelle, die die Abhängigkeiten aufführt finden Sie im Anschluss an diese Tabelle.

Die Nutzung der NAG-Bibliotheken muss lizensiert werden. Damit die Programme den Lizenzserver finden, muss die Umgebungsvariable NAG_KUSARI_FILE auf den File /usr/local/opt64/NAG/license.dat verweisen, also je nach Shell:
setenv NAG_KUSARI_FILE /usr/local/opt64/NAG/license.dat
oder
export NAG_KUSARI_FILE="/usr/local/opt64/NAG/license.dat"

ROOT

root

ROOT ist eine Sammlung von C++-Klassenbibliotheken und einem C++-Interpreter. Die wichtigsten Funktionen von ROOT sind:

  • Zwei- und dreidimensionale Graphen und Histogramme (Beispiel)
  • Beschriftungen mit LaTeX-Syntax
  • Export als PostScript (EPS oder PS), GIF, C++-Macro

Es ist Version 5.34-38 installiert.

Die Umgebung für ROOT wird über das Einbinden von

/usr/local/ROOT/V5.34/bin/thisroot.[c]sh

gesetzt.

Um einen ersten Einblick in die Fähigkeiten von ROOT zu bekommen:

cd /usr/local/ROOT/V5.34/tutorials; root
Es erscheint die ROOT-Meldung und ein Prompt: root [0]

An diesem Prompt gibt man dann .x demos.C ein.

Einige Beispiele verlangen Schreibzugriff auf das Verzeichnis, der natürlich nicht allgemein gewährt werden kann! Es kann aber das ganze Verzeichnis in das Homeverzeichnis kopiert und die Demos dann dort ausgeführt werden.

Weitere Infos zur Software

Statistik laufender Mathematica-Prozesse

NAG-Bibliotheken

NAG-Code Typ Compiler Version
Kompatibilitätsmatrix
CLL6I24DCL C-Library Intel 14.0 Mark 24
CL6A23DGL C-Library gcc 4.7.0 Mark 23
FLL6I24DCL Fortran-Library Intel 13.0.1
(and compatibel)
Mark 24
FLL6A24DFL Fortran-Library gfortran 4.7.0 Mark 24